首都医科大学儿科学系于2002年建立，依托全国最大的儿科综合医院——北京儿童医院，整合首都医科大学各附属医院的儿科(北京友谊医院、北京宣武医院、北京天坛医院、北京朝阳医院、北京安贞医院、北京同仁医院)临床资源进行儿科学科建设和高级儿科医学人才培养的综合平台，是全国特别是北京市儿童疾病的诊疗基地。学系有小儿血液中心、小儿急救中心、小儿普外专业、中医脾胃专业等4个北京市重点学科及小儿脊柱中心、小儿先心病治疗中心、儿童青少年糖尿病中心、儿童睡眠疾病中心、儿童放射会诊中心、小儿泌尿外科中心、小儿实体瘤治疗中心、小儿外科内镜治疗中心、小儿血液净化中心、儿科疑难病会诊中心、儿童铅中毒防治中心、儿童医学影像中心、儿童心血管病中心等14个临床诊疗中心。学系设有儿科研究所1个，共有微生物免疫研究室、病毒研究室等11个基础研究室;拥有我国儿科界仅有的两位中国工程院院士——胡亚美、张金哲教授和江载芳、潘少川、李仲智、杨永弘等国内外著名儿科专家;共有博士导师11名，硕士导师34名;高级职称医务人员192名;承担儿科学博士后、研究生(博士、硕士)、本科生(5年制和7年制)等多层次儿科医学教育。

儿科学系在全国儿科界中占有很高的地位，67名专家在中华医学会儿科学会、中华医学会小儿外科学会、中华医学会急诊专科委员会、中华医学会北京分会儿科专科委员会、中华医学会北京急诊医学会、高等医学教育学会儿科医学教育分会、全国儿科主治医师资格考试委员会等45个儿科学术团体任主任委员或副主任委员;在国际儿科界也有着广泛联系及重要影响，张金哲、江载芳等专家在国际儿科学会、太平洋地区小儿外科学会、亚洲小儿外科学会、亚洲儿科学会等国际学术团体中担任负责人;2001-2005年共承担国家级和市级科研项目78项，其中国家“十五” 攻关项目3项，“十五” 攻关合作项目3项，国家自然基金5项，北京市自然基金7项;4年来获得科研成果10余项，其中国家级奖3项，省部级奖13项;出版专著23部，在国内外刊物上公开发表论文800余篇。胡亚美、江载芳、张金哲、杨永弘等教授还多次获得国际重大医学奖项。